La prima caratteristica che contraddistingue la quinoa da tutti gli altri cereali è la presenza di tutti gli aminoacidi essenziali, indispensabili per la sintesi proteica.
Il termine essenziali sta ad indicare l'incapacità dell'organismo di sintetizzare questi aminoacidi a partire da altri aminoacidi tramite trasformazioni biochimiche. Gli aminoacidi coinvolti nella sintesi proteica sono 20 e tra questi 20, 8 sono essenziali ( leucina, isoleucina e valina (BCAA), lisina, metionina, treonina, fenilalanina, triptofano).
I cereali sono carenti di triptofano e lisina, un amminoacido essenziale la cui carenza può portare ad un deficit di vitamina B3 (niacina). Invece i legumi, molto ricchi di proteine di discreta qualità, sono invece carenti di aminoacidi solforati (metionina e cisteina). La quinoa invece li contiene tutti.
Oltre a questo dato importante, va detto che la quinoa ha anche un discreto contenuto proteico, circa il 14%, ovvero superiore a cereali come riso, mais, miglio e grano. Mentre la concentrazione di amido, pur essendo piuttosto alta, è comunque inferiore alla maggior parte dei cereali (il che è positivo, considerando che gli amidi sono alla base di problemi come obesità, ipertensione, colesterolo alto e diabete di tipo 2).
Nella quinoa troviamo inoltre sali minerali come il magnesio, il sodio, il fosforo, il ferro e lo zinco. Tra le vitamine sono presenti alcune del gruppo B (ad esempio la tiamina, la riboflavina, la vitamina B6 e i folati), la vitamina C e la vitamina E, quest'ultima molto importante per le sue proprietà antiossidanti. Marginale è invece il contenuto di grassi (circa il 4%), per lo più composti da grassi monoinsaturi e polinsaturi.
Non mancano inoltre le fibre solubili e insolubili. Soprattutto le prime giocano un ruolo importante per nutrire la microflora batterica intestinale (da cui dipende anche la salute di tutto l'organismo) e per ridurre glicemia e colesterolo cattivo (LDL).
Da uno studio del 2008 è emerso che la quinoa contiene anche flavonoidi, ovvero delle sostanze vegetali con spiccata azione antiossidante. In particolare, nella quinoa troviamo buone quantità di quercetina e di canferolo. La presenza di quercetina è più alto nella quinoa rispetto a cibi come il mirtillo rosso (da sempre ritenuta un'ottima fonte di quercetina).
Queste sostanze svolgono un ruolo molto importante per la salute, in quanto contrastano l'invecchiamento e la degenerazione cellulare. Svolgano inoltre un'attività antinfiammatoria, antivirale, antitumorale ed antidepressiva.